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互作组学/Y2H-seq方法定义了人类蛋白甲基转移酶相互作用组

作者:南京瑞源生物技术有限公司 浏览: 发表时间:2021-08-12 10:46:36

2013年,德国柏林MPIMG实验室科学家Mareike Weimann&Arndt Grossmann  et al. 在nature methods(2021年影响因子/JCR分区:28.547/Q1)上在线发表了题为“A Y2H-seq approach defines the human protein methyltransferase interactome”的文献,在该文献中提到,为了加速高密度相互作用组的定位,科学家开发了一种酵母双杂交相互作用筛选方法,包括灵敏度更高的短读二代测序(Y2H-seq)和定量评分读数,允许快速验证相互作用。作者使用Y2H-seq来研究蛋白质甲基化的酶,这是一种尚未被探索的翻译后修饰。报道的涉及22个甲基转移酶或去甲基化酶的523个相互作用网络通过共免疫沉淀实验进行了全面注释和验证,并定义了之前未发现的非组蛋白甲基化的细胞作用。

Y2H-seq主要步骤示意图

将饵料与所有的猎物品系混合在一起,然后在超过100,000个单独的点上进行相互作用分析。使用Y2H-seq,我们获得了矩阵法获得的阳性菌落数量的4-10倍。为了揭示猎物的身份,我们收集了所有的群体并进行了36个碱基的平行测序。超过2000万个reads完美地映射到人类RefSeq编码序列(开放阅读框,ORFs),对应超过50万个独特的36-碱基reads。

蛋白甲基转移酶相互作用组

功能富集分析表明,不同酶亚群的结合谱显示了特定的细胞功能, PPI数据还指出了蛋白质甲基化的新作用,超过一半的蛋白质至少部分位于细胞核外。


后记:作者使用Y2H-seq生成了一个大型的、全面注释的资源,描述了参与甲基化的蛋白质的部分验证的相互作用伙伴,为精氨酸和赖氨酸蛋白甲基化的新细胞功能提供了线索。


文献链接:http://www.nature.com/reprints/index.html

互作组学/Y2H-seq方法定义了人类蛋白甲基转移酶相互作用组
作者使用Y2H-seq来研究蛋白质甲基化的酶,这是一种尚未被探索的翻译后修饰。报道的涉及22个甲基转移酶或去甲基化酶的523个相互作用网络通过共免疫沉淀实验进行了全面注释和验证,并定义了之前未发现的非组蛋白甲基化的细胞作用。
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