2013年，德国柏林MPIMG实验室科学家Mareike Weimann&Arndt Grossmann  et al. 在nature methods（2021年影响因子/JCR分区：28.547/Q1）上在线发表了题为“A Y2H-seq approach defines the human protein methyltransferase interactome”的文献，在该文献中提到，为了加速高密度相互作用组的定位，科学家开发了一种酵母双杂交相互作用筛选方法，包括灵敏度更高的短读二代测序(Y2H-seq)和定量评分读数，允许快速验证相互作用。作者使用Y2H-seq来研究蛋白质甲基化的酶，这是一种尚未被探索的翻译后修饰。报道的涉及22个甲基转移酶或去甲基化酶的523个相互作用网络通过共免疫沉淀实验进行了全面注释和验证，并定义了之前未发现的非组蛋白甲基化的细胞作用。

Y2H-seq主要步骤示意图

将饵料与所有的猎物品系混合在一起，然后在超过100,000个单独的点上进行相互作用分析。使用Y2H-seq，我们获得了矩阵法获得的阳性菌落数量的4-10倍。为了揭示猎物的身份，我们收集了所有的群体并进行了36个碱基的平行测序。超过2000万个reads完美地映射到人类RefSeq编码序列(开放阅读框，ORFs)，对应超过50万个独特的36-碱基reads。

蛋白甲基转移酶相互作用组

功能富集分析表明，不同酶亚群的结合谱显示了特定的细胞功能, PPI数据还指出了蛋白质甲基化的新作用，超过一半的蛋白质至少部分位于细胞核外。

后记：作者使用Y2H-seq生成了一个大型的、全面注释的资源，描述了参与甲基化的蛋白质的部分验证的相互作用伙伴，为精氨酸和赖氨酸蛋白甲基化的新细胞功能提供了线索。

文献链接：http://www.nature.com/reprints/index.html